Si tratta di uno dei ponti più antichi di Roma. Fu costruito nel 109 a.C. per volontà del censore M. Emilio Scauro. Secondo lo scrittore Livio già esisteva un ponte precedente fatto in legno durante gli episodi posteriori alla sconfitta di Asdrubale. Il nome del ponte risulta connesso al nome della gens "Mulvia" (presunto costruttore) o deriva dal nome della gens "Aemilia". Si collegano al ponte numerosi episodi della storia di Roma e tra questi il più famoso è in relazione con la famosa battaglia di Ponte Milvio tra Massenzio e Costantino.
In seguito furono operati numerosi restauri: nel 1149 e nel 1336 per intervento del Comune di Roma, nel 1429 per volontà di Martino V, nel 1450 per intervento di Niccolo V e poi nel 1457 per opera di Callisto III. In seguito ai danni provocati dalle piene del Tevere intervenne il Valadier a riparare e riadattare il ponte alle nuove esigenze: vennero tolti i due ponti levatoi di legno per essere sotituiti con degli archi in muratura. Nel 1849 i garibaldini per ritardare l'avanzata francese distrussero una parte del ponte e una lapide ricorda questo episodio. In seguito il governo pontificio incaricò l'architetto Azzurri di attuare le necessarie riparazioni.

G. MALIZIA, I Ponti di Roma, Roma, Newton & Compton editori, 1995, pp. 16-19