Non lontano da S. Agnese si trova il Cimitero Maggiore (Coemeterium Maius) talvolta chiamato di S. Emerenziana. Il suo ingresso si trova in via Asmara 6. Viene chiamato Maggiore per distinguerlo dal cimitero Minore che si trova in via Nomentana 222. Nel cimitero Maggiore fu sepolta Santa Emerenziana, sorella di S. Agnese, e i martiri Papia, Felice e Vittore e Alessandro. Sembra che questi ultimi due siano stati sepolti nella stessa cripta di S. Emerenziana. Nel Cimitero Maggiore sono visibili negli affreschi episodi del Vecchio Testamento, Oranti e un Cristo benedicente. In una lunetta si vede una donna a mezzo busto con le mani alzate e con un bambino. Alcuni ritengono che questa immagine sia la raffigurazione della defunta, mentre altri hanno visto in questa la figura della Madonna con il Bambino. Il Cimitero Minore non è ancora stato scavato e risulta molto più piccolo rispetto al Maggiore.